آیت الله شهید مدنی در آذرشهر به مبارزه با بهاییت پرداخت و آن‌ها را از شهر فراری داد.
وی کمتر از دو سال بعد از ترور شهید طباطبایی، در 20 شهریور 1360 به دست منافقین ترور شد و به شهادت رسید. نشانه رفتن یک جایگاه واحد از سوی دو گروه تروریستی مختلف آن هم طی مدت زمانی کوتاه می‌تواند نشانگر اهمیت و ویژگی خاص این پست به خصوص برای جریان‌های تروریستی باشد. اما این نکته که گویی گروهک فرقان و سازمان مجاهدین خلق ( منافقین) هدفی واحد را دنبال می کردند خود تامل برانگیز است.
آیت‌الله مدنی با آغاز مبارزات انقلابی در سال 1342 امام خمینی (ره) دستگیر و مدت‌ها دور از شهر قم تحت نظر قرار گرفت. حکومت، غیرمذهبی جلوه دادن قیام و در نهایت اعدام امام (ره) را پیگیری کرد. در این روزها آیت‌الله مدنی که از استادان نامی حوزه علمیه نجف اشرف به شمار می‌رفت از دستگیری امام اطلاع پیدا کرد و کلاس‌های درس و بحث خود را تعطیل و به سوگ شهدای نهضت ایران نشست که تاثیر زیادی در تخریب وجهه خارجی حکومت محمدرضا شاه داشت.
آیت‌الله مدنی نخستین کسی بود که در نجف به ندای «هل من ناصر ینصرنی» امام خمینی لبیک گفت و با تعطیل کردن کلاس های خود و تشکیل مجالس سخنرانی جهت افشای چهره رژیم پهلوی گام برداشت.
وی در این زمان در نجف سردمدار جریان دفاع و پشتیبانی از نهضت امام به شمار می‌آمد و وقایع ایران را برای طلاب بیان می‌کرد.
مبارزه با بهاییت
بنابر گزارش دفاع پرس ؛ بروجردی داماد شهید آیت‌الله مدنی در خصوص فعالیت مبارزاتی این شهید بزرگوار برای مقابله با فرقه بهاییت روایت کرده است: شهید مدنی احساس کرد که زادگاه اصلی (آذرشهر) در خطر محاصره اقتصادی فرقه ضاله بهاییت یعنی این مسلک و مرام استعماری صهیونیستی قرار گرفته و مراکز حساس شهر مانند کارخانه تولید برق و ... به دست آن‌ها افتاده است.
لذا با بیانات آتشین خود مردم را علیه آنان بسیج کرد تا آنجا که مصرف برق آن‌ها را تحریم و مردم از چراغ‌های نفتی استفاده کردند. از این مهم‌تر آذرشهر که نزدیک به تبریز واقع شده است در آن زمان مقدار زیادی از نان تبریز را تامین کرد. به دستور آیت‌الله مدنی مردم از فروش نان و مایحتاج زندگی به این فرقه خودداری کردند و آنان مجبور شدند از این شهر مذهبی و اسلامی کوچ کنند.
به این ترتیب تب مبارزات ضدبهایی بالا گرفت اما تمام این حوادث از طرف شهربانی وقت پیگیری و شهید مدنی تنها عامل همه تحریکات ضدبهایی شناخته شد. در نتیجه او را به همدان تبعید کردند.