نمایندگان مجلس مقرر کردند؛ تخصیص اعتبار دستگاه‌ها و پرداخت حقوق کارکنان و مدیران دستگاه‌های اجرایی تنها با درج اطلاعات درآمدی در سامانه حقوق و دستمزد صورت گرفته و در غیر این صورت پرداختی‌ها غیرقانونی خواهد بود.
براساس بند الحاقی ۱ این تبصره؛ صدور اجازه تخصیص اعتبار دستگاه‌های و پرداخت حقوق کارکنان/ مدیران دستگاه‌ها درسال ۱۴۰۰، منوط به احراز انجام تکالیف مندرج در ماده (۲۹) قانون برنامه ششم توسعه است. هرگونه اقدام برخلاف این بند به منزله تصرف غیرقانونی در اموال و وجوه عمومی است.
همچنین در بند الحاقی ۲ این تبصره آمده است؛ پرداخت حقوق و مزایای پرسنل شرکت‌های آب و فاضلاب استانی و شرکت‌های توزیع برق استانها که به صورت مامور در شرکت مهندسی آب و فاضلاب کشور و شرکت توانیر ارائه خدمت می‌نمایند، از محل منابع داخلی شرکت‌های استانی مذکور، بلامانع است.
براساس ماده ۲۹ برنامه ششم توسعه کل کشور؛ دولت مکلف است طی سال اول اجرای قانون برنامه نسبت به راه‌اندازی سامانه ثبت حقوق و مزایا اقدام کند و امکان تجمیع کلیه پرداخت‌ها به مقامات، رؤسا، مدیران کلیه دستگاه‌های اجرائی شامل قوای سه‌گانه جمهوری اسلامی ایران اعم از وزارتخانه‌ها، سازمان‌ها و مؤسسات و دانشگاهها، شرکت‌های دولتی، مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت، بانک‌ها و مؤسسات اعتباری دولتی، شرکت‌های بیمه دولتی، مؤسسات و نهاد‌های عمومی غیردولتی (در مواردی که آن بنیاد‌ها و نهاد‌ها از بودجه کل کشور استفاده می‌نمایند)، مؤسسات عمومی، بنیاد‌ها و نهاد‌های انقلاب اسلامی، مجلس شورای اسلامی، شورای نگهبان قانون اساسی، بنیاد‌ها و مؤسساتی که زیر نظر، ولی فقیه اداره می‌شوند و همچنین دستگاه‌ها و واحد‌هایی که شمول قانون بر آنها مستلزم ذکر یا تصریح نام است اعم از اینکه قانون خاص خود را داشته و یا از قوانین و مقررات عام تبعیت نمایند نظیر وزارت جهاد کشاورزی، شرکت ملی نفت ایران، شرکت ملی گاز ایران، شرکت ملی صنایع پتروشیمی ایران، سازمان گسترش نوسازی صنایع ایران، بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران، سازمان بنادر و کشتیرانی جمهوری اسلامی ایران، سازمان توسعه و نوسازی معادن و صنایع معدنی ایران، سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران و شرکت‌های تابعه آنها، ستاد اجرائی و قرارگاه‌های سازندگی و اشخاص حقوقی وابسته به آنها را فراهم نماید، به نحوی که میزان ناخالص پرداختی به هر یک از افراد فوق مشخص شود و امکان دسترسی برای نهاد‌های نظارتی و عموم مردم فراهم شود. وزارت اطلاعات، نیرو‌های مسلح و سازمان انرژی اتمی ایران از شمول این حکم مستثنی هستند. اجرای این حکم درخصوص بنگاه‌های اقتصادی متعلق به وزارت اطلاعات، وزارت دفاع و پشتیبانی نیرو‌های مسلح تنها با مصوبه شورای عالی امنیت ملی مجاز خواهد بود.
دستگاه‌های مشمول این ماده مکلفند حقوق، فوق العاده‌ها، هزینه‌ها، کمک‌هزینه‌ها، کارانه، پرداخت‌های غیرماهانه و مزایای ناخالص پرداختی ماهانه اعم از مستمر و غیرمستمر، نقدی و غیرنقدی (معادل ریالی آن) و سایر مزایا به مقامات، رؤسا، مدیران موضوع این ماده را از هر محل (از جمله اعتبارات خارج از شمول قانون محاسبات عمومی کشور مصوب ۱/۶/۱۳۶۶، درآمد‌های اختصاصی، اعتبارات متفرقه، اعتبارات کمک‌های رفاهی، اعتبارات بودجه عمومی و منابع عمومی و همچنین اعتبارات موضوع ماده (۲۱۷) قانون مالیات‌های مستقیم با اصلاحات و الحاقات بعدی مصوب ۳/۱۲/۱۳۶۶، تبصره «۱» ماده (۳۹) قانون مالیات بر ارزش افزوده، مواد (۱۶۰) تا (۱۶۲) قانون امور گمرکی مصوب ۲۲/۸/۱۳۹۰ و یا اعتبارات خاص ناشی از واگذاری و فروش شرکت‌ها در سازمان خصوصی‌سازی، اعتبارات مربوط به ردیف‌های کمک به اشخاص حقیقی و حقوقی و سایر درآمد‌ها و موارد مشابه)، منحصراً در فیش حقوقی منعکس و پس از ثبت در سامانه فوق، پرداخت کنند، به نحوی که میزان هرگونه ناخالص پرداختی ماهانه به هر یک از افراد مذکور بلافاصله در سامانه اطلاعاتی هر دستگاه مشخص باشد.
تبصره ۱- کلیه اشخاص حقوقی مشمول این ماده مکلفند از تاریخ ۱/۱/۱۳۸۸ اطلاعات مربوط به مقامات، رؤسا، مدیران موضوع این ماده را به دیوان محاسبات کشور و سازمان بازرسی کل کشور ارائه دهند. مستنکف از ارائه اسناد و اطلاعات مورد درخواست به انفصال موقت از خدمات دولتی و عمومی از سه‌ماه تا یک‌سال به تشخیص مراجع قضائی محکوم می‌شود. دیوان محاسبات کشور و سازمان بازرسی کل کشور مکلفند طبق وظایف و اختیارات قانونی خود اطلاعات مربوط به پرداخت‌های مذکور را در اسرع وقت به منظور بازگرداندن وجوه پرداخت شده رسیدگی نمایند و درصورتی‌که مبالغی برخلاف قوانین به افراد موضوع این ماده پرداخت شده باشد، اقدامات قانونی لازم را به‌عمل آورند.
تبصره ۲- حسابرسان و بازرسان قانونی از جمله سازمان حسابرسی و جامعه حسابداران رسمی کشور مکلفند در حین انجام وظایف قانونی موارد مندرج در این ماده را کنترل و ضمن درج مراتب در گزارش‌های حسابرسی و بازرس قانونی، تخلفات صورت‌گرفته را در اسرع وقت به مراجع ذی‌صلاح (اعضای مجمع عمومی، هیأت‌های تخلفات اداری، مرجع قضائی، سازمان بازرسی کل کشور و دیوان محاسبات کشور) اعلام نمایند.
تبصره ۳- دولت مکلف است طی سال اول اجرای قانون برنامه سازوکار‌های مناسب در نظامات پرداخت حقوق و مزایا و نظام مالیاتی را به نحوی مدون نماید که اختلاف حقوق و مزایای بین مقامات، رؤسا، مدیران و کارکنان موضوع این ماده در مشاغل مشابه و شرایط مشابه در هر صورت از بیست‌درصد (۲۰%) تجاوز نکند و در مسیر تصمیم‌گیری قانونی قرار دهد.