امام خمینی (ره) در ساعت ۲۲:۲۰ روز شنبه سیزدهم خردادماه سال ۱۳۶۸ به ملکوت اعلا پیوست تا ایرانیان و جهانیان در غم فقدان ایشان عزادار شوند.
به گزارش خبرگزاری صدا و سیما مرکز یزد، سیر بیماری امام خمینی (ره) از روز اول خرداد ماه سال ۱۳۶۸ به طور جدی آغاز شد و تیم پزشکان تصمیم به جراحی دستگاه گوارش ایشان گرفتند. پس از عمل جراحی بیماری درمان نشد و سرانجام امام در ساعت ۲۲ و بست دقیقه روز شنبه سیزدهم خرداد ماه سال ۱۳۶۸ به ملکوت اعلا پیوست.
با ارتحال امام خمینی (ره) گویی زلزله ای عظیم رخ داده است، بغضها ترکید و سرتاسر ایران و همه کانونهایی که در جهان با نام و پیام امام خمینی آشنا بودند، یکپارچه گریستند و بر سر و سینه زدند. هیچ قلم و بیانی قادر نیست ابعاد حادثه را و امواج احساسات غیرقابل کنترل مردم را در آن روزها توصیف کند.
روز چهاردهم خرداد ۱۳۶۸، مجلس خبرگان رهبری تشکیل گردید و پس از قرائت وصیتنامه امام خمینی توسط حضرت آیت الله خامنهای که دو ساعت و نیم طول کشید، بحث و تبادل نظر برای تعیین جانشین امام و رهبر انقلاب اسلامی آغاز شد و پس از چندین ساعت، سرانجام حضرت آیت الله خامنه ای (رئیس جمهور وقت) به اتفاق آرا برای این رسالت خطیر برگزیده شد.
وداع مردم با امام خمینی در روز و شب پانزدهم خرداد ۱۳۶۸، با حضور میلیونها نفر از مردم تهران و سوگوارانی که از شهرها و روستاها آمده بودند، در محل مصلای امام خمینی برگزار شد. هیچ اثری از تشریفات بی روح مرسوم در مراسم رسمی نبود. همه چیز بسیجی و مردمی و عاشقانه بود. سراسر اتوبان و راههای منتهی به مصلی مملو از جمعیت سیاه پوش بود. پرچمهای عزا بر در و دیوار شهر آویخته و آوای قرآن از تمام مساجد و مراکز و ادارات و منازل به گوش می رسید.
در نخستین ساعت بامدادِ شانزده خرداد، میلیونها تن به امامت آیت الله العظمی گلپایگانی (ره) با چشمانی اشکبار بر پیکر امام نماز اقامه کردند. مراسم تشییع امام از مصلی تا مرقد امام خمینی در جنب بهشت زهرا ـ مزار شهیدان انقلاب اسلامی ـ که به حرم امام خمینی مشهور است، با احساسات غیر قابل کنترل مردم برگزار و پیکر مطهر امام خمینی به خاک سپرده شد.