در نشست شورای عالی حوزههای علمیه، آیت الله سیدهاشم حسینی بوشهری به عنوان دبیر شورای عالی حوزههای علمیه، آیت الله جواد مروی به عنوان دبیر دوم این شورا و آیتالله علیرضا اعرافی به عنوان مدیر حوزههای علمیه سراسر کشور انتخاب شدند.
بنا به تصریح ماده ۹ آییننامه داخلی شورای عالی حوزههای علمیه، دبیر اول و دوم این نهاد عالی حوزوی هر دو سال یک بار، به واسطه رأی مستقیم اعضای شورای هفت نفره آن، انتخاب میشوند. همچنین به تصریح ماده ۲۵ آییننامه مذکور، مدیر حوزههای علمیه سراسر کشور نیز، برای بازه زمانی دو ساله، توسط اعضای این شورا انتخاب میشود.
در نشست شماره ۱۲۹ که در محل جامعه مدرسین حوزه علمیه قم برگزار شد، آیت الله سیدهاشم حسینی بوشهری به عنوان دبیر شورای عالی حوزههای علمیه، آیت الله جواد مروی به عنوان دبیر دوم این شورا و آیت الله علیرضا اعرافی به عنوان مدیر حوزههای علمیه سراسر کشور، به مدت دو سال دیگر انتخاب شدند.
در این نشست همچنین حجتالاسلام والمسلمین حسین رحیمیان نیز به عنوان مسئول دبیرخانه شورای عالی حوزههای علمیه، به مدت دو سال دیگر انتخاب شد.
آیت الله سید هاشم حسینی بوشهری از سال ۱۳۹۷ عهدهدار دبیری شورای عالی حوزههای علمیه است و آیتالله اعرافی نیز از سال ۱۳۹۵ مدیریت حوزههای علمیه سراسر کشور را برعهده دارد.