بر اساس پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (ISC)، دانشگاه خلیج‌فارس بوشهر در رتبه ۴۹ دانشگاه‌های کشور جای گرفت.
این در حالی است که در سال ۹۷ دانشگاه خلیج فارس بوشهر رتبه ۲۰ را در بین دانشگاه‌های وزارت علوم کسب کرد.
در این رتبه بندی، معیار‌های کلی در ارزیابی و رتبه بندی دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی در ۶ حوزه آموزش (با وزن ۳۰ درصد)، پژوهش (با وزن ۲۵ درصد)، فناوری و نوآوری (با وزن ۲۰ درصد)، بین‌المللی سازی (با وزن ۱۰ درصد)، اثرگذاری اقتصادی (با وزن ۱۰ درصد) و خدمات اجتماعی، زیر ساخت و تسهیلات (با وزن ۵ درصد) می‌باشد که هر کدام از این معیار‌های اصلی، به تعدادی شاخص اصلی و زیر شاخص تقسیم می‌شوند که عملکرد دانشگاه در هر یک از آن‌ها به صورت جداگانه ارزیابی می‌شود.