پخش زنده
امروز: -
شناسایی مسیرهای ژنی سرطان با ابزاری نوین
پژوهشگران مؤسسه بهداشت جهانی بارسلونا ابزاری را طراحی کردند که با ساده‌سازی و خودکارسازی فرآیندهای پیچیده بیوانفورماتیکی، تشخیص، پیش‌آگهی و درمان‌های شخصی‌سازی‌شده را تسهیل می‌کند.
به گزارش خبرگزاری صدا و سیما، مؤسسه بهداشت جهانی بارسلونا (ISGlobal) با پشتیبانی بنیاد «لا کائیشا» از یک ابزار بیوانفورماتیک پیشرفته، سریع و کاربرپسند که برای تحلیل داده‌های ترنسکریپتومیک طراحی شده، رونمایی کرد؛. این ابزار که HTGAnalyzer نام دارد، می‌تواند فرآیندهای پیچیده تحلیل مولکولی را خودکار و قابل استفاده برای محیط‌های بالینی با منابع محدود کند.
این بسته نرم‌افزاری که در محیط آماری R توسعه یافته، مجموعه‌ای از مراحل تخصصی را به شکلی ساده و قابل تکرار در اختیار پزشکان و پژوهشگران قرار می‌دهد، حتی آن‌هایی که تخصصی در بیوانفورماتیک ندارند.
تحلیل ترنسکریپتومیک بررسی همه مولکول‌های RNA پیام‌رسان موجود در یک سلول در یک زمان مشخص است تا مشخص شود کدام ژن‌ها و به چه میزان بیان می‌شوند. این داده‌ها برای پزشکی دقیق اهمیت حیاتی دارند، رویکردی که هدف آن تطبیق روش‌های درمانی با پروفایل ژنتیکی و مولکولی هر بیمار است.
با وجود ظرفیت بالای این روش، چالش اصلی نه در تولید داده، بلکه در تحلیل پیچیده بیوانفورماتیکی آن بوده است.
HTGAnalyzer با هدایت «لائیا دیئز-آهیخادو» و ایده‌پردازی مشترک «ناتالیا راکیسلووا» و «روبرت آلبره» طراحی شده و به صورت رایگان در دسترس است. این ابزار مراحل کلیدی تحلیل را از وارد کردن و نرمال‌سازی داده، کنترل کیفیت نمونه‌ها، تحلیل بیان تفاضلی ژن‌ها و غنی‌سازی عملکردی، تا بررسی ریزمحیط تومور و تحلیل بقا، به شکل خودکار انجام می‌دهد.
این ابزار با استفاده از چندین مجموعه‌داده از جمله داده‌های RNA-seq «اطلس ژنوم سرطان» (TCGA) و یک گروه بیماران مبتلا به سرطان نادر و تهاجمی فرج اعتبارسنجی شد.
در این مطالعه، HTGAnalyzer ژن‌های با بیان متفاوت را شناسایی، پروفایل ایمنی آن‌ها را ترسیم، و مسیرهای سلولی مرتبط با این سرطان و بقا را آشکار کرد. نتایج نشان داد که این ابزار می‌تواند دانش کاربردی برای تشخیص، درمان و پیش‌آگهی سرطان تولید کند.
پژوهشگران ISGlobal تأکید کردند که HTGAnalyzer شکاف میان تحلیل پیچیده بیوانفورماتیکی و نیازهای عملی کلینیک‌ها و مراکز تحقیقاتی را پر می‌کند. این ابزار به متخصصان فاقد تجربه پیشرفته بیوانفورماتیک اجازه می‌دهد تحلیل‌های ضروری ترنسکریپتومیک را انجام دهند؛ تحلیلی که نقش فزاینده‌ای در تشخیص، پیش‌آگهی و انتخاب درمان‌های متناسب با زیست‌شناسی مولکولی بیماران دارد.
نظر شما